民间借贷借了20万，法院调解后每月还5000元，是

多还的1000元不一定算作还本金，需看具体约定。依据《民法典》，若未明确约定，多还款项性质需双方协商或法院裁定。高利贷违法，超出部分利息不受保护，建议及时咨询律师处理，避免不当损失。
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处理方式包括协商、诉讼或依据调解书执行。若双方对多还款项性质有争议，应首先尝试协商；协商不成，可依据调解书向法院申请明确，或提起诉讼解决。
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多还1000元处理需明确。操作如下：1.查看借款合同或调解书，是否有明确约定；2.若无约定，与出借人协商，明确多还款项性质；3.协商不成，咨询律师，准备证据，考虑诉讼或依据调解书申请法院裁定。